Tuy nhiên, một thực trạng khó khăn đã và đang diễn ra từ khi thực hiện theo Luật HTX năm 2012 đến nay là mặc dù các HTX thường xuyên được đào tạo bồi dưỡng trình độ nghiệp vụ về quản lý HTX, nhưng vẫn còn HTX hoạt động theo kinh nghiệm tự phát, thiếu khoa học, chưa quan tâm sâu sắc cho lợi ích tập thể. Trình độ năng lực phần đông Ban Giám đốc còn hạn chế, điều hành lúng túng, thiếu tính thuyết phục. Từ đó phát sinh những ý nghĩ trái ngược nhau giữa tập thể và cá nhân thành viên. Kiến thức khoa học kỹ thuật chưa được cập nhật thường xuyên, đa số cán bộ quản lý HTX hoạt động không có thù lao hoặc thù lao không đủ chi phí đi lại hội họp làm việc cho tập thể nên chưa nâng cao tinh thần trách nhiệm trong phát triển kinh tế tập thể (KTTT). Từ đó, dẫn đến hiệu quả sản xuất kinh doanh mang lại không cao hoặc không có lãi chỉ giảm được giá thành cho thành viên, làm lợi cho thành viên là chủ yếu.
Mặc dù các HTX thường xuyên được đào tạo, bồi dưỡng trình độ nghiệp vụ về quản lý HTX, nhưng vẫn còn HTX hoạt động theo kinh nghiệm tự phát, thiếu khoa học
Bên cạnh đó, nhiều chính sách hỗ trợ nhằm phát triển KTTT của Chính phủ đã được ban hành nhưng việc triển khai thực hiện còn chậm, quy mô hoạt động của đa số HTX còn nhỏ, thiếu vốn đầu tư mở rộng sản xuất kinh doanh dịch vụ, chưa tiếp cận được các nguồn vốn vay ưu đãi vì không có tài sản thế chấp hoặc phương án sản xuất kinh doanh không khả thi. Nguyên nhân chính là do các HTX còn chịu ảnh hưởng của tư duy cũ thời kỳ kế hoạch hóa tập trung quan liêu bao cấp, chưa thật hoàn toàn làm theo mô hình mới, lúng túng, thiếu định hướng, kế hoạch phát triển và nguồn lực hạn chế. Một số cấp ủy và chính quyền địa phương nhận thức về đường lối, quan điểm phát triển kinh tế tập thể, về bản chất và mô hình HTX kiểu mới chưa đầy đủ dẫn đến trong chỉ đạo, hỗ trợ vừa có biểu hiện thiếu quan tâm, vừa can thiệp sâu vào tổ chức hoạt động của HTX. Hệ thống chính sách đối với phát triển HTX ban hành chậm, thiếu đồng bộ, tổ chức thực hiện chưa kịp thời, thiếu sự quyết đoán và không đáp ứng được yêu cầu củng cố đổi mới phát triển của các HTX. Một số sở ngành, đoàn thể chưa cụ thể hóa, hướng dẫn kịp thời về chuyên môn, nhất là ban hành các cơ chế chính sách phù hợp nhằm hỗ trợ KTTT phát triển.
Hiện nay các HTX có xu hướng chỉ làm dịch vụ cho thành viên như: khâu bơm tát, bảo vệ thực vật, cày ải, cung ứng vật tư phân bón…Tất cả các hoạt động dịch vụ trên chỉ căn cứ theo yêu cầu của thành viên mà không theo đúng quy trình kinh doanh chính của HTX. Bên cạnh đó, Nhà nước chưa có chính sách tài chính hỗ trợ ban đầu, cấp cho HTX khi thành lập mới để HTX mua được đất và có tiền xây trụ sở, mua sắm phương tiện làm việc vì thành viên HTX đa số là những hộ nghèo không có điều kiện góp vốn xây dựng trụ sở.
Đối với ngành thuế chưa tổ chức triển khai hướng dẫn theo hệ thống việc thực hiện ưu đãi thuế cho HTX. Cụ thể như thuế thu nhập HTX còn tính mức ngang bằng với các doanh nghiệp vì một nguyên nhân hiểu theo khái niệm “HTX hoạt động như một loại hình doanh nghiệp”. Hầu hết các HTX không được vay vốn ở các Ngân hàng Thương mại do không có vốn đối ứng và không có tài sản thế chấp. Vì vậy, cần quy định có một kênh tín dụng riêng cho HTX vay hoặc thành lập quỹ phát triển HTX ở cấp tỉnh. Cần có chính sách ưu đãi, khuyến khích đào tạo cơ bản cho cán bộ quản lý HTX và đào tạo ngành nghề cho thành viên phù hợp với ngành nghề hoạt động của HTX. Mở rộng các ngành nghề truyền thống để cho thành viên và người lao động có cơ hội phục hồi các làng nghề truyền thống. Tạo điều kiện cho việc ký hợp đồng trực tiếp giữa doanh nghiệp chế biến và tiêu thụ sản phẩm nông – lâm – ngư nghiệp với nông dân, thành viên thông qua các HTX. Hướng dẫn cho HTX về quy trình kỹ thuật và thu mua sản phẩm theo các hợp đồng dài hạn với những sản phẩm có khối lượng lớn và có chế độ ưu đãi của các doanh nghiệp. Đẩy mạnh xúc tiến thương mại, giới thiệu sản phẩm của HTX và tiêu thụ sản phẩm.
Ưu tiên đầu tư cơ sở hạ tầng tập trung cho các HTX theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp, nông thôn như: hoàn chỉnh hệ thống giao thông nông thôn, thủy lợi nội đồng, điện phục vụ cho sản xuất…giao cho HTX quản lý khai thác sử dụng thúc đẩy sự hình thành và phát triển của kinh tế hợp tác, HTX, gắn với việc xây dựng tiêu chí nông thôn mới.
HTX đang là một loại hình phổ biến của người dân hiện nay và có xu hướng dần dần phát triển mạnh. Tuy nhiên, khi thực hiện theo Luật HTX 2012 vẫn còn một số vấn đề vướng mắc gây khó khăn cho sự phát triển của các loại hình này. Nên có điều chỉnh sao cho phù hợp hai nội dung cơ bản sau: Về vốn, quỹ, tài sản của HTX: không nên ghi trong Luật mức góp vốn không vượt quá 20% vốn điều lệ của HTX mà nên để cho các HTX tự bàn bạc, thống nhất vì bản chất của HTX là tất cả mọi hoạt động của HTX là do Đại hội thành viên quyết định. Về quản lý Nhà nước đối với HTX: Chính phủ cần có định chế về trách nhiệm của cơ quan quản lý Nhà nước đối với HTX, hiện nay còn chồng chéo giữa nhiều cơ quan với nhau, chưa rõ ràng trong ban hành văn bản chỉ đạo, gây không ít khó khăn cho HTX trong quá trình hoạt động.
