Có thể hiểu công tác kiểm soát của hợp tác xã (HTX) là một loại hoạt theo dõi, giám sát toàn diện và liên tục các hoạt động của hợp tác xã , xác định mức độ hoàn thành, đúng sai so với các tiêu chuẩn đã định ra, để từ đó đề xuất các giải pháp điều chỉnh đảm bảo cho các hoạt động được tiến hành đúng hướng, đùng kế hoạch, đúng mục tiêu ban đầu nhằm thúc đẩy sự tiến bộ của HTX.
Công tác kiểm tra, kiểm soát tại các HTX đóng vai trò quan trọng trong việc ngăn chặn tiêu cực, làm trong sạch bộ máy quản lý, đồng thời nâng cao năng lực ban kiểm soát và phát huy quyền làm chủ của thành viên. Hiện nay, quyền hạn và nghĩa vụ của ban kiểm soát tại các HTX bao gồm: kiểm tra chấp hành điều lệ, nội quy và nghị quyết đại hội thành viên; giám sát hoạt động của hội đồng quản trị, giám đốc HTX và thành viên theo đúng pháp luật; kiểm tra tài chính, kế toán... Tiếp nhận các khiếu nại, tố cáo có liên quan đến công việc HTX; giải quyết hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền giải quyết theo quy định của pháp luật.

Ban kiểm soát có quyền giám sát hoạt động của hội đồng quản trị, giám đốc HTX và thành viên theo đúng pháp luật
Hoạt động kiểm soát là một trong bốn chức năng quan trong của hoạt động quản lý và có mặt trong tất cả các loại hình tổ chức bao gồm: Lập kế hoạch; Tổ chức thực hiện kế hoạch; Lãnh đạo; Kiểm tra, đánh giá. Bốn chức năng này có liên quan mật thiết với nhau, tác động qua lại với nhau, trong đó kiểm soát là một trong những công cụ quan trong đảm bảo cho các hoạt động của tổ chức được tiến hành đúng hướng, đúng mục tiêu, kế hoạch đã định ra.
Thực chất của hoạt động kiểm soát xem xét các hoạt động thực tế và so sánh chúng với các quy định của quản lý, các tiêu chuẩn, cũng như các chuẩn mực của quản lý để phát hiện sự đúng sai từ đó có các giải pháp quản lý điều chỉnh bổ sung các hoạt động thực tế. Mục tiêu và nhiệm vụ của hoạt động kiểm soát là đảm bảo cho các quy định của quản lý được thực hiện đúng.
Kiểm soát còn là một công cụ quan trong bảo đảm quyền làm chủ đầy đủ của thành viên, giúp thành viên bảo vệ quyền lợi của mình, của người khác và của HTX, đảm bảo tính công bằng và sự phát triển bền vững của HTX.
Với tính chất là một tổ chức kinh tế tập thể, cho nên chủ nhân của HTX là tất cả các thành viên tham gia HTX, là người quyết định và chịu trách nhiệm kết quả hoạt động của HTX. Vai trò làm chủ của các thành viên phải được thể hiện trong tất cả các hoạt động của HTX từ việc bầu hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, tham gia xây dựng các phương hướng kế hoạch hoạt động của HTX đến các hoạt động thường ngày diễn ra đối với HTX. Vai trò làm chủ đó chỉ được thực hiện đúng nghĩa của nó khi thành viên kiểm soát được tất cả các hoạt động của HTX. Hay nói cách khác như khái niệm về kiểm soát thì tất cả các hoạt động của HTX phải đặt trong sự kiểm soát của thành viên. Thành viên chỉ thực hiện được quyền làm chủ thực sự và đầy đủ khi kiểm soát được tất cả các hoạt động của HTX.
Vai trò làm chủ đẩy đủ của thành viên được thực hiện việc kiểm soát đầy đủ các hoạt động của HTX thông qua cơ chế: thành viên trực tiếp tham gia tham gia vào các hoạt động quản lý của HTX, như tham gia đại hội để bầu bộ máy quản lý HTX, tham gia các ý kiến vào việc xây dựng điều lệ HTX, tham gia đóng góp vào phương hướng mục tiêu và cách thức quản lý để thực hiện mục tiêu. Thay mặt cho thành viên thực hiện việc kiểm soát các công việc khác mà thành viên không có điều kiện, hoặc không có khả năng kiểm soát trực tiếp, như việc tổ chức thực hiện điều lệ của HTX, thực hiện các nghị quyết của đại hội thành viên, thực hiện kế hoạch và các mục tiêu, nhất là việc thực hiện các chế độ tài chính kế toán, sử dụng công quỹ và phân chia lợi ích của HTX....
Quyền và lợi ích của thành viên được đảm bảo chỉ khi thành viên được làm chủ chủ đầy đủ hay kiểm soát toàn bộ các hoạt động của HTX. Một khi thành viên kiểm soát được toàn bộ các hoạt động của HTX thì lòng tin của thành viên với HTX, của thành viên với ban quản lý HTX, giữa các thành viên với nhau sẽ được củng cố, đó chính là nhân tố quan trọng giúp HTX phát triển bền vững, nếu không làm được điều đó thì tình thế sẽ ngược lại. Với chức năng là xem xét, giám sát các hoạt động phát hiện và ngăn chặn những hoạt động diễn ra trái với quy định, hoạt động kiểm soát thực sự là công cụ đảm bảo cho các hoạt động của HTX được tiến hành đúng hướng.

Quyền và lợi ích của thành viên được đảm bảo chỉ khi thành viên được làm chủ chủ đầy đủ hay kiểm soát toàn bộ các hoạt động của HTX.
Hoạt động kiểm soát là phương tiện giảm thiểu những yếu tố gây tác động xấu tới các hoạt động của một công việc, một đối thượng nào đó, từ đó nó góp phần vào việc sử dụng tiết kiệm các nguồn lực sản xuất, ngăn ngừa lãng phí, nâng cao hiệu quả hoạt động của HTX. Với tư cách là hoạt động giám sát một cách liên tục, phát hiện và điều chỉnh các hoạt động, cho phép hoạt động kiểm soát phát hiện được yếu tố có khả năng gây tác động xấu tới các kết quả hoạt động của HTX.
Tượng tự trong HTX tất cả các hoạt được giám xát bởi các hoạt động kiểm soát, nó cho phép kịp thời phát hiện và ngăn chặn, điều chỉnh những hoạt động không đúng quy định của quản lý, từ đó góp phần giảm thiểu rủi ro, góp phần vào việc sử dụng tiết kiệm các nguồn lực sản xuất, ngăn ngừa lãng phí, nâng cao hiệu quả hoạt động của HTX.
Như đã nói, mục tiêu của hoạt động kiểm soát là đảm bảo cho các hoạt động của HTX đi đúng hướng, đúng các chế độ, đúng các quy định của quản lý đã đặt ra và đảm bảo quyền làm chủ đầy đủ của thành viên. Với mục tiêu này nó phản ánh bản chất chất của hoạt động kiểm soát là thúc đẩy sự tiến bộ, sự phát triển của HTX. Tránh hiểu kiểm soát theo khía cạnh "vạch lá tìm sâu" dễ gây mất đoàn kết.
Hoạt động kiểm soát trong HTX không chỉ được thực hiện bởi Ban Kiểm soát mà còn được thực hiện bởi các thành viên, Hội đồng quản trị và cả chính những người thực hiện công việc, nhằm đảm bảo hiệu lực và hiểu quả của các hoạt động quản lý, sự tin cậy của các báo cáo tài chính, sự tuân thủ các luật lệ và các quy định.
Việc đảm bảo thực hiện đầy các giai đoạn của hoạt động kiểm soát chính là đảm bảo tính liên tục của hoạt động kiểm soát, nó cho phép hoạt động kiểm soát sớm phát hiện và ngăn ngữa được những sai lệch ngay tư khâu hình thành các ý tưởng của mỗi hoạt động, làm hạn chế những tốn kém có thể xảy ra. Chính vi vậy khâu kiểm soát trước khi các hoạt động diễn ra hết sức quan trọng. Tuy nhiên hiện nay ít được chú ý, phần lớn tập trung vào việc kiểm soát các hoạt động đã được hoàn thành.
Mặc dù vai trò của công tác kiểm soát rất quan trọng trong công tác quản lý, tuy nhiện hiện nay hoạt động kiểm soát vẫn chưa thực hiện được những nhiệm vụ vốn có của của mình. Có 5 nguyên nhân chính dẫn đến Ban kiểm soát chưa thực hiện đầy đủ chức năng, quyền hạn của mình, từ đó chưa đạt hiệu quả như kỳ vọng đó là:
Thể chế của Ban kiểm soát không đủ mạnh: Theo quy định Ban kiểm soát có quyền hạn rất lớn. Trên thực tế Ban kiểm soát rất khó có thể kiểm soát được các hoạt động của các thành viên hội đồng quan trị. Vai trò của Ban kiểm soát còn mờ nhạt, tính độc lập của ban kiểm soát bị ảnh hưởng nhiều. Có thể do nhiều nguyên nhân, song nguyên nhân chính vẫn là thể chế hoạt động, quyền lực và chế độ chứ đảm bảo đầy đủ tính độc lập của ban kiểm soát. Nhiều tổ chức Ban kiểm soát do cấp trên quyết định, song quản lý hoạt động và cả chế độ thù lao lại do thủ trưởng đơn vị bị kiểm soát quyết định.
Nhận thức của các bên liên quan: Quy định hiện tại không nêu rõ trách nhiệm mà Ban kiểm soát phải gánh chịu, nếu không làm tròn vai trò của mình. Khi có vấn đề xảy ra do hội đồng quản trị hoặc giám đốc gây ra, thì gần như trách nhiệm của Ban kiểm soát không được xét đến. Có vẻ như phần lớn các HTX không xem trọng vai trò của Ban kiểm soát, mà chỉ thành lập Ban kiểm soát để tuân thủ pháp luật. Hoạt động của Ban kiểm soát phần lớn mang tính hình thức và chưa có thực chất.
Thiếu nguồn nhân lực: Với yêu cầu về thành viên Ban kiểm soát đòi hỏi mỗi thành viên Ban kiểm soát không chỉ có phẩm chát đạo đức tốt mà cần phỉ có kiến thức, kỹ năng khá toàn diện về cả hai lĩnh vực là kiến thức và kỹ năng hoạt đông kiểm soát và kiến thức về các lĩnh vực cần kiểm soát. Ví dụ để kiểm soát được công tác kế toán tài chính của HTX dứt khoát, bắt buộc thành viên ban kiểm soát phải thông thạo về nghiệp vụ, chứng từ và các chế độ quản lý tài chính kế toán. Với yêu cầu trên, so với tình hình thực tế hiện nay, phần lớn thành viên Ban kiểm soát thiếu kiến thức và kinh nghiệm, trong khi theo thông lệ Ban kiểm soát thường có 4 nhóm kỹ năng chính: năng lực quản lý rủi ro, năng lực chuyên môn về kế toán kiểm toán, năng lực về hoạt động kinh doanh cốt lõi và năng lực giám sát sự tuân thủ pháp luật.
Thiếu bộ máy giúp việc: Hiện nay thực tế mỗi HTX chỉ có 1 đến 2 hay 3 cán bộ làm công tác kiểm soát. So với yêu cầu, chức năng và nhiệm vụ của hoạt đông kiểm soát đối với một số HTX có quy mô lớn thì chưa đáp ứng, cần phải có cán bộ chuyên trách kiểm soát chuyên trách các khâu công việc, các lĩnh vực hoạt động đảm bảo hoạt động kiểm soát theo sát được các hoạt động diễn ra trong HTX.
Thiếu công cụ, phương tiện làm việc: Để thực hiện được nhiệm vụ kiểm soát ngoài kiên thức và phẩm chất cần có của một hoạt đông kiểm soát, thì phương tiện làm việc cho mỗi loại hoạt động kiểm soát phải được tính đến để trang bị cho phù hợp. Song trong thực tế hoạt động kiểm soát hiện nay hầu như phương tiện làm việc của ban kiểm soát chưa được chú ý.
Tóm lại, làm tốt hoạt động kiểm soát còn là "chỗ dựa" vững chắc cho giám đốc HTX, các thành viên hội đồng quản trị thêm yên tâm làm việc, vì bên cạnh công việc của họ luôn có sự trợ giúp của các hoạt động kiểm soát để đảm bảo cho các hoạt động của giám đốc cũng như của các thành viên giảm thiểu rủi ro, ít sai sót về các khía cạnh quản lý.